前言
帮同学编译MicroED工具，该工具用作连续的电子衍射图像序列或者是MicroED扫描转换城Super Marty View (SMV) 格式的工具，编译过程中略显繁琐，本文记录一下过程
希望能帮助到大家作为参考
环境信息：
- Ubuntu X64位
- tiff-4.5.0.zip
- microed-tools-0.1.0-dev.8.tar.gz
- 注意⚠️：编译需要具有sudo权限
下载工具：
tiff:
https://download.osgeo.org/libtiff/tiff-4.5.0.zip
microed-tools:
https://cryoem.ucla.edu/downloads/snapshots
1. 安装tiff
1.1 安装依赖包
sudo apt-get install libxslt-dev flex libarchive-dev libnlopt-dev cmake
sudo apt-get install libtiff-dev pandoc
1.2 安装libtiff
# 解压
unzip tiff-4.5.0.zip && cd tiff-4.5.0/
# 开始配置
sudo cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH="/usr/local/libtiff" -
DCMAKE_INSTALL_RPATH:PATH="/usr/local/libtiff/lib" -
DBUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON -Djbig:BOOL=OFF -Djpeg:BOOL=OFF -
Djpeg12:BOOL=OFF -Dlibdeflate:BOOL=OFF -Dlzma:BOOL=OFF -Dold-
jpeg:BOOL=OFF -Dpixarlog:BOOL=OFF -Dwebp:BOOL=OFF -Dzlib:BOOL=OFF -Dzstd:BOOL=OFF
// 编译
sudo cmake --build . --parallel
# 安装
sudo cmake --install .
1.3 校验安装
/usr/local/libtiff/bin/tiffinfo # 返回版本等信息
2.安装mircoed-tools
2.1 开始编译
# 创建编译时的⽬录
mkdir build && cd build
编辑 CMakeLists.txt ⽂件，在⾥⾯添加tiff的路径，来指定tiff包路径
vim ../microed-tools-0.1.0-dev.8/CMakeLists.txt （⾸⾏添加以下内容）
# libtiff path
find_path(TIFF_INCLUDE_DIR NAMES tiff.h HINTS
/usr/local/libtiff/include)
find_library(TIFF_LIBRARY NAMES tiff HINTS /usr/local/libtiff/lib)
if(TIFF_INCLUDE_DIR AND TIFF_LIBRARY)
message(STATUS "Found libtiff: ${TIFF_LIBRARY}") include_directories(${TIFF_INCLUDE_DIR})
else()
message(ERROR "libtiff not found")
endif()
开始编译配置
cmake ../microed-tools-0.1.0-dev.8
完成后，开始编译
cmake --build .
如果在build阶段遇到如下报错：
[ 1%] Generating README
[ 1%] Built target text
[ 1%] Generating ../SMV.5
error : Unknown IO error
warning: failed to load external entity
"http://cdn.docbook.org/release/xsl/current/manpages/docbook.xsl"cannot parse
http://cdn.docbook.org/release/xsl/current/manpages/docbook.xsl
gmake[2]: *** [doc/CMakeFiles/man.dir/build.make:76: SMV.5] Error 4
gmake[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:962: doc/CMakeFiles/man.dir/all]Error 2
gmake: *** [Makefile:166: all] Error 2
我们只需要禁⽤掉⽂档的⽣成，仅仅只编译代码：
vim doc/CMakeFiles/man.dir/build.make 注释掉76、80、84⾏的代码
注释后重试编译即可通过
2.2 制品准备
创建 mircoed-tools 的程序⽬录
sudo mkdir /usr/local/mircoed-tools
将编译好的程序移动到程序⽬录中
sudo mv src/{dm2smv,ht2wavelength,img2px,dumpframe,idoc2smv,mrc2smv,ser2smv,t iff2smv,tvips2smv} /usr/local/mircoed-tools/
接着加⼊到系统path中，实现不需要输⼊路径也可打开程序
echo 'PATH=$PATH:/usr/local/mircoed-tools' >> /etc/profile
2.3 环境验证
新打开⼀个终端，输⼊mrc2smv 命令来验证程序是否可⽤即可。
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